密码子优化的网站（密码子uuu）

本文目录一览：

• 1、怎么看出密码子优化的好坏
• 2、对蛋白无显著影响转录
• 3、密码子优化
• 4、cDNA方面的一些疑问
• 5、密码子优化的缺点
• 6、献给初学者:如何选择合适的荧光蛋白

怎么看出密码子优化的好坏

可以根据密码子RSCU判断其偏性，进行密码子替换时，将RSCU值低的密码子替换成值高的密码子即可提高异源蛋白的表达量。同时，也给出两个做密码子优化的网页工具： OPTIMIZER 和 Jcat 。

导致蛋白质构象和功能的改变。密码子优化的缺点是导致蛋白质构象和功能的改变，常用的密码子优化策略的另一个弊端是更多地强调蛋白的表达数量，对蛋白的质量没有严格的要求，常常出现蛋白翻译或折叠错误等。

这同时也告诉我们，在实验中，如果想在A生物中表达B生物的蛋白，往往需要考虑密码子的优化，将B生物的基因DNA序列，改成适合A生物的密码子使用偏好，否则表达效率会降低，甚至表达不出来。

1)对密码子进行优化，优先使用植物偏爱密码子。一般是将密码子的第三位A/T变为G/C，并尽量减少在高等植物中罕见的XCG及XTA密码子。

对蛋白无显著影响转录

1、转录没有变化，说明mRNA的转录没有收到影响，但是protein level降低是有几种原因，可能是蛋白降解了：（1）proteasome依赖的途径，即蛋白酶体介导的蛋白降解；可用proteasome抑制剂如MG132或bortezomib，看是否影响蛋白水平。

2、在某些情况下，即使在一定时间内转录水平没有明显变化，蛋白水平也可能会有高表达。这可能是由于外源DNA转录后RNA的稳定性较差，导致RNA降解速度的快慢、mRNA的翻译效率以及蛋白的翻译后修饰等因素影响了蛋白表达的水平。

3、真核生物RNApol对启动子亲和力很小或没有，转录起始依赖于多个转变路激活因子的作用，而若干个调节蛋白与特定DNA序列的结合大大提高了活化的精确度，无疑是这一作用机制的一大优势。

密码子优化

Optimizer进行密码子优化时会考虑GC含量、密码子平衡（如果将全部低频密码子换成最高频密码子，会导致细菌表达压力过大，不利于自身生长，这也是不行的），还可行规避酶切位点，自己指定参考集等，功能强大，推荐使用该工具。

导致蛋白质构象和功能的改变。密码子优化的缺点是导致蛋白质构象和功能的改变，常用的密码子优化策略的另一个弊端是更多地强调蛋白的表达数量，对蛋白的质量没有严格的要求，常常出现蛋白翻译或折叠错误等。

1)对密码子进行优化，优先使用植物偏爱密码子。一般是将密码子的第三位A/T变为G/C，并尽量减少在高等植物中罕见的XCG及XTA密码子。

密码子优化效果不明显。因为电脑运行速度与硬件配置有直接关系，比如机械硬盘和固态盘读写数据的速度相差很大，也就是软件的响应速度固态盘甩机械盘几条街。

cDNA方面的一些疑问

1、cDNA序列和genomic DNA序列比较，就知道内含子intron的位置。未知功能的基因，通常可以经由比对蛋白质cDNA资料库找出相似序列的蛋白质，进而预测蛋白质的功能。要证明基因功能，就送入细胞大量表现或用siRNA抑制细胞表现来反证。

2、细菌中的所有cDNA对应供体细胞所有的mRNA（因为是反转录来的）。

3、反转录不成功，说明一次文库方案的夭折。反转录效率不高表现在一是部分mRNA被反转录了，但还有相当一部分本该反转录的mRNA未被反转总的全长cDNA太少，这就难以构建好的全长cDNA文库。

4、cDNA（全称complementary DNA），是一种互补脱氧核糖核酸。与mRNA链互补的单链DNA，以其mRNA为模板，在适当引物的存在下，由mRNA与DNA进行一定条件下合成的，就是cDNA。

5、cDNA是双链DNA。在高中生物里可能是为了方便只提了第一步里的逆转录酶，事实上在整个制作步骤中，你可以看到由第一链产生第二链的过程中是需要DNA聚合酶的。不用在意这些，等大学里学到相关知识的时候会学到的。

6、可能存在引物二聚体，建议降低引物浓度或重新设计引物等方式优化；也有可能是模板量偏低，促使引物二聚体的形成，建议重新制备纯度较高的cDNA。

密码子优化的缺点

1、密码子优化效果不明显。因为电脑运行速度与硬件配置有直接关系，比如机械硬盘和固态盘读写数据的速度相差很大，也就是软件的响应速度固态盘甩机械盘几条街。

2、基因合成的基因可以进行密码子优化，使基因在各种生物表达体系中都能得到良好表达。缺点是有风险导致产生致癌物。简称UDS。发生于正常DNA复制合成主要周期S期以外的合成。

3、Optimizer进行密码子优化时会考虑GC含量、密码子平衡（如果将全部低频密码子换成最高频密码子，会导致细菌表达压力过大，不利于自身生长，这也是不行的），还可行规避酶切位点，自己指定参考集等，功能强大，推荐使用该工具。

献给初学者:如何选择合适的荧光蛋白

1、检测自发荧光水平高的细胞时，使用发射光波长较长的荧光染料（如APC），可以得到较好的S/N比值。

2、\x0d\x0a\x0d\x0a 荧光标记的选择\x0d\x0a活体荧光成像技术主要有三种标记方法：荧光蛋白标记、荧光染料标记和量子点标记。荧光蛋白适用于标记肿瘤细胞、病毒、基因等。通常使用的是GFP、EGFP、RFP（DsRed）等。

3、首先，需要使用一种合适的荧光蛋白，选择一种高度特异性的荧光蛋白，可以大大提高实验结果的准确性。其次，在实验中，需要构建正确的荧光蛋白探针，即荧光蛋白和目标蛋白之间的结合反应，以及激发源和发射源的调节。

4、根据以下原则：确定荧光物质的特性。要了解荧光物质的发射波长、荧光强度和荧光信号稳定性等方面的特性，以便在实验中选择合适的荧光浓度范围。确定实验目的和要求。根据实验目的和要求，选择荧光信号的强度和浓度范围。